El Consejo Directivo es elegido por la Asamblea General y está conformado por 12 miembros: seis representantes de los Pueblos Indígenas y seis de los gobiernos, de los cuales tres representan a los Estados de América Latina y tres a los Estados extrarregionales.

El Consejo Directivo elige en su primera reunión al Comité Ejecutivo, integrado por una Presidencia y dos vicepresidencias, el cual funciona en representación permanente de la organización. Funciona de forma colegiada y cuando la Asamblea se encuentra en receso se reúne cada seis meses de manera regular o las veces que sea necesario para atender los requerimientos institucionales, a convocatoria de la Presidencia.

La Secretaría Técnica, conformada por un equipo de técnicos altamente cualificados, es el brazo operativo. Tiene a su cargo la gestión técnica y administrativa del FILAC. La responsabilidad de conducir y velar por el correcto funcionamiento de esta instancia es del Secretario Técnico, quien es nombrado por el Consejo Directivo luego de un proceso de selección competitivo y transparente.